פרופ' שמואל פיינר הוא היסטוריון של העם היהודי בעת החדשה, שמחקריו מוקדשים במשך למעלה משלושים שנה לפענוח קוד המודרניזצייה היהודית, ובמיוחד לכתיבת תולדותיה המפותלים ורבי הגוונים של תנועת ההשכלה, לחשיפת שורשי החילון ביהדות אירופה, להקשבה לקולות העימותים, הלבטים ודילמות הזהות שהתעוררו לנוכח שסעים חברתיים ותרבותיים, ולאחרונה לחיבור רחב יריעה שמשחזר את הביוגרפיה של המאה השמונה עשרה היהודית מתוך האזנה רגישה לקולות של נשים וגברים בני הזמן, לשאיפותיהם, חלומותיהם ואף לסיוטיהם ואכזבותיהם.

יליד תל אביב (1955), בוגר האוניברסיטה העברית בירושלים בהיסטוריה של עם ישראל ובהיסטוריה כללית, תואר ראשון ושני, ותואר שלישי (1989). בשנת 1990 זכה במילגת "אלון" והצטרף לסגל המחלקה לתולדות ישראל באוניברסיטת בר אילן ובשנת 2001 התמנה לפרופסור מן המניין. שימש כראש המחלקה (2004-2001) ועומד בראש הקתדרה לתולדות היהודים בגרמניה.

בין ספריו: "מהשכלה לוחמת להשכלה משמרת", (מרכז דינור 1993), "השכלה והיסטוריה, תולדותיה של הכרת עבר יהודית מודרנית (מרכז זלמן שזר 1995, מהדורה באנגלית 2002), "מהפכת הנאורות, תנועת ההשכלה היהודית במאה השמונה עשרה", מרכז זלמן שזר 2002, מהדורה אנגלית 2004, מהדורה גרמנית 2007), משה מנדלסון, (מרכז זלמן שזר 2005, מהדורה גרמנית 2009, מהדורה אנגלית 2011, מהדורה סינית 2014), "קול עלמה עברייה, כתבי נשים משכילות במאה התשע עשרה" (הקיבוץ המאוחד 2006), מלחמת תרבות, תנועת ההשכלה היהודית במאה ה-19, (הוצאת כרמל 2010), שורשי החילון, מתירנות וספקנות ביהדות המאה ה-18. (מרכז זלמן שזר 2010, מהדורה אנגלית 2011). עשר שנים הקדיש שמואל פיינר לכתיבת הביוגרפיה של המאה השמונה עשרה היהודית. החיבור עוקב אחר האירועים שהתרחשו במאה הזו ונותן קול לבני ובנות הזמן. החלק הראשון של החיבור ("עת חדשה, יהודים באירופה במאה השמונה-עשרה, 1750-1700") ראה אור בשנת 2017 בהוצאת מרכז זלמן שזר (תרגום לאנגלית בהוצאת אינדיאנה 2020), והחלק השני ("עת חדשה, יהודים באירופה במאה השמונה עשרה, 1800-1750") בשנת 2021.

לצד המחקר שמואל פיינר פעיל בשורה של מוסדות וחבר בועדות שתפקידן לקדם את מדעי הרוח בכלל ומדעי היהדות וחקר העבר בפרט בישראל. מאז 2019 הוא מכהן כראש החברה ההיסטורית הישראלית ונימנה על עורכי כתב העת "ציון". חבר במועצה הציבורית של הספרייה הלאומית ובמועצה הציבורית של מרכז זלמן שזר. עמד בראש מכון ליאו בק בירושלים לחקר יהודי גרמניה (2019-2007),  היה חבר בוועדות שונות של המל"ג והות"ת (מרכזי המצוינות, ועדת מדעי הרוח, ועדת השיפוט למילגות רוטנשטרייך).

ספרו "מהפכת הנאורות" זכה בארה"ב בפרס קורת (2004), ספרו "שורשי החילון" זכה בשנת תש"ע זכה הספר בפרס שזר לחקר תולדות ישראל. בין היתר ביקר כפרופסור אורח באוניברסיטת ייל, פרנקפורט ולוצרן. בשנת 2007 זכה בפרס Meyer-Struckmann מטעם אוניברסיטת היינריך היינה בדיסלדורף על ספרו מהפיכת הנאורות. בשנת 2012 זכה בפרס הומבולדט (Humboldt Research Award, Alexander von Humboldt Stiftung) שמוענק בגרמניה על מכלול ההישגים במחקר.