פרופ' שמואל פיינר הוא היסטוריון של העם היהודי בעת החדשה. עיקר מאמציו המחקרים מוקדשים לפענוח קוד המודרניזציה היהודית, ובמיוחד לכתיבת תולדותיה המפותלים ורבי הגוונים של תנועת ההשכלה, לחשיפת שורשי החילון ביהדות אירופה, להקשבה לקולות העימותים, הלבטים ודילמות הזהות שהתעוררו לנוכח שסעים חברתיים ותרבותיים, וכן לחיבור רחב יריעה שמשחזר את הביוגרפיה של המאה ה-18 היהודית מתוך האזנה רגישה לקולות של נשים וגברים בני הזמן, לשאיפותיהם, חלומותיהם ואף לסיוטיהם ואכזבותיהם.

פרופ' פיינר הוא יליד תל אביב (1955), בוגר תואר ראשון שני ושלישי של האוניברסיטה העברית בירושלים בהיסטוריה של עם ישראל ובהיסטוריה כללית. בשנת 1990 זכה במלגת "אלון" והצטרף לסגל המחלקה לתולדות ישראל באוניברסיטת בר אילן ובשנת 2001 התמנה לפרופסור מן המניין, שם שימש כראש המחלקה (2004-2001) וכראש הקתדרה לתולדות היהודים בגרמניה. החל משנת 2023 הוא פרופסור אמריטוס. בנוסף, פיינר ביקר באוניברסיטאות ייל, פרנקפורט ולוצרן כפרופסור אורח.

בין ספריו: "מהשכלה לוחמת להשכלה משמרת" (מרכז דינור 1993), "השכלה והיסטוריה, תולדותיה של הכרת עבר יהודית מודרנית" (מרכז זלמן שזר 1995, מהדורה באנגלית 2002), "מהפכת הנאורות, תנועת ההשכלה היהודית במאה השמונה עשרה" (מרכז זלמן שזר 2002, מהדורה אנגלית 2004, מהדורה גרמנית 2007), "משה מנדלסון" (מרכז זלמן שזר 2005, מהדורה גרמנית 2009, מהדורה אנגלית 2011, מהדורה סינית 2014), "קול עלמה עברייה, כתבי נשים משכילות במאה התשע עשרה" (הקיבוץ המאוחד 2006), "מלחמת תרבות, תנועת ההשכלה היהודית במאה ה-19" (הוצאת כרמל 2010), "שורשי החילון, מתירנות וספקנות ביהדות המאה ה-18" (מרכז זלמן שזר 2010, מהדורה אנגלית 2011), "לתולדות החילון היהודי" (בלימה 2026, מהדורה אנגלית 2026).

במשך עשור שנים שמואל פיינר כתב את הביוגרפיה של המאה השמונה עשרה היהודית. החיבור עוקב אחר האירועים שהתרחשו במאה הזו ונותן קול לבני ובנות הזמן. החלק הראשון של החיבור, "עת חדשה, יהודים באירופה במאה השמונה-עשרה, 1750-1700", ראה אור בשנת 2017 בהוצאת מרכז זלמן שזר (תרגום לאנגלית בהוצאת אינדיאנה 2020), והחלק השני, "עת חדשה, יהודים באירופה במאה השמונה עשרה, 1800-1750" יצא לאור בשנת 2021 (במהדורה אנגלית 2023).

לצד המחקר שמואל פיינר פעיל בשורה של מוסדות וחבר בוועדות שתפקידן לקדם בישראל את מדעי הרוח בכלל ומדעי היהדות וחקר העבר בפרט. מאז 2019 הוא מכהן כראש החברה ההיסטורית הישראלית ונמנה על עורכי כתב העת "ציון". בעבר עמד בראש מכון ליאו בק בירושלים לחקר יהודי גרמניה (2019-2007),  והיה חבר בוועדות שונות של המל"ג והות"ת (מרכזי המצוינות, ועדת מדעי הרוח, ועדת השיפוט למלגות רוטנשטרייך).

ספרו "מהפכת הנאורות" זכה בארה"ב בפרס קורת (2004), וכן בפרס Meyer-Struckmann מטעם אוניברסיטת היינריך היינה (2007). ספרו "שורשי החילון" זכה בשנת תש"ע בפרס שזר לחקר תולדות ישראל. בשנת 2012 זכה בפרס הומבולדט שמוענק בגרמניה על מכלול ההישגים במחקר.  שמואל פיינר הוא חבר האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.